برخی عقیده دارند که اُلجایتو این بنا را به آرامگاه امامان شیعه اختصاص داده بود و قصد داشت تا پیکر امام علی (ع) و امام حسین (ع) را به این محل انتقال دهد که با مخالفت علمای شیعه مواجه شد. کار بازسازی «گنبد سلطانیه» از سال ۱۳۴۸ آغاز شده و تا امروز در بیش از ۹ دوره مورد بازسازی قرار گرفته است. گنبد سلطانیه در سال ۱۳۸۴ به عنوان هفتمین اثر ایرانی در فهرست میراث جهانی سازمان یونسکو به ثبت رسید.
گنبد سلطانیه به سبب قرار گیری در مسیر عبور و مرور مسافرانی که قصد سفر به شمال و شمال غرب کشور را دارند، همه ساله میزبان گردشگران داخلی و خارجی بسیاری است.